1.文件審核 對申請方提交的準備文件進行詳細的審查，這是實施現場審核基礎工作。申請方需要編寫好其環境管理體系文件，在審核過程中，若發現申請方的EMS手冊不符合要求，則由其采取有效糾正措施直至符合要求。認證機構對這些文件進行認真審核之后，如果認為合格，就準備進入現場審核階段。
2.現場審核 在完成對申請方的文件審查和預審基礎上，審核組長要制定一個審核計劃，告知申請方并征求申請方的意見，申請方接到審核計劃之后，如果對審核計劃的某些條款或安排有不同意見，立即通知審核組長或認證機構，并在現場審核前解決好這些問題。解決好這些問題之后，審核組正式實施現場審核，主要目的就是通過對申請方進行現場實地考察，驗證EMS手冊、程序文件和作業指導書等一系列文件的實際執行情況，從而來評價該環境管理體系運行的有效性，判別申請方建立的環境管理體系和ISO14001標準是否相符合。
3.跟蹤審核 申請方按照審核計劃與認證機構商定時間糾正發現的不符合項，糾正措施完成之后遞交認證機構。認證機構收到材料后，組織原來的審核小組的成員對糾正措施的效果進行跟蹤審核。如果審核結果表明被審核方報來的材料詳細確實，則可以進入注冊階段的工作。
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